發酵罐是發酵的核心設備，為發酵過程提供良好的反應環境。發酵罐結構主要包括反應容器和控制系統兩大部分，反應容器提供發酵過程的反應環境，控制系統將反應環境控制在設定目標值。一般認為：500L以下的是實驗室規模的發酵罐，500L以上是生產規模的發酵罐。其主要由內外兩層罐體構成。其中，外筒工作時加入水，下接有加熱管和熱電偶，可以把水加熱并保持到預期的溫度;內筒工作時從上加入培養基和菌種。利用內層筒體進行傳熱雖然會降低熱效率，但這樣既可以防止培養基因達到沸點而沸騰起來，又可防止加熱管直接加熱到菌絲而造成菌體死亡。
發酵罐的具體結構：
1、外筒
外筒是作為水的容器，對它的主要要求是有一定的強度和剛度，能夠承受加熱時產生的飽和蒸汽的壓力而不破壞、能承受住容器和水的重力而不產生過大的變形。其中，強度是主要的問題。
2、內筒
內筒只有下端采用了封頭，上端與外筒的上封頭焊接在一起。對于壓力容器而言，這種焊接方式會產生巨大的附加應力，受力情況較差相當于舊式的無折邊錐形封頭和球面形封頭。但是由于內外筒工作中溫度相關不大，物料相近。所以內筒幾乎不受力，無需考慮強度闖題。
內筒的材料應選擇不銹鋼。因為內筒工作時接觸菌種，如果有銹的話，會污染菌種。
3、液位計
液位計的作用是觀察外筒的水位高低，一般用玻璃管式液位計。
4、加料口
加料口與內筒相連。為了加入菌種的滅菌效果，直徑一般不大，且要求有良好的密封，一般使用焊接短接管并加工外螺紋，上配以旋蓋。
5、放氣閥
在加熱過程中會有大量的水蒸汽產生從而使筒內壓力持續升高，物料的沸點也會隨之上升造成過熱，所以需要開啟放氣閥放氣。放氣閥采用銅制或不銹鋼制球閥，因為這樣開、閉都比較迅速，而且不會生銹造成污染。
6、安全閥
內筒的物料含有大量固體顆粒且在加熱時易起泡，有可能會造成放氣閥的堵塞，所以需要設置安全閥。安全閥的開啟壓力設置在設計壓力的1.05～1.1倍。
7、進氣管
酵母菌屬于兼性厭氧性性生物，菌絲在進行物質代謝的同時伴隨著能量代謝的進行。所以在菌絲的整個生長過程中都應有一定的氧通氣量。有些物料的粘度不大，如果進行機械攪拌，效果不是很理想，而且攪拌器的會增加成本。
因此，發酵罐下設進氣管，與小型空氣壓縮機相連，這樣既起到攪拌的作用，又能輸送新鮮空氣。但是，如果在菌絲生長過程中出現停電而使壓縮機停轉，則物料會從進氣管回流，從而造成菌種與外界接觸被污染。因此，在進氣管外，外接止回閥。
8、出料管
由于發酵罐封閉，內部不易清洗，所以出料管接于內筒的下方，這樣可以避免培養基殘余在罐內滋生雜菌。
出料管排料時，由于發酵罐內部壓力要大于外部壓力，所以有很大的推動力。但是，當罐內壓力降低到一定程度時，推動力會幾乎消失。此時，生成的菌絲球很容易堵塞出料管上的閥門，所以，在出料管上適合采用球閥一類孔徑較大的閥門。
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