養殖污水處理設備根據廢水的排放特點、水質特點及要求的排放要求，確定工藝分三個部分：首先是預處理，去除水中的懸浮物和浮油，降低后續處理的負荷并防止后續處理（尤其是生化處理）單元堵塞而影響處理效果，采用物化的方法；二是生化處理，這是整個處理工藝的核心，通過微生物的新陳代謝作用，分解廢水中溶解性有機物；三是深度處理，采用物化方法，進一步除去水中的污染物，以保證出水達標排放。

養殖污水處理設備好氧處理的基本原理是利用微生物在好氧條件下分解有機物，同時合成自身細胞(活性污泥)。在好氧處理中，可生物降解的有機物終可被*氧化為簡單的無機物。該方法主要有活性污泥法和生物濾池、生物轉盤、生物接觸氧化、序批式活性污泥法、A/O及氧化溝等。采用好氧技術對畜禽廢水進行生物處理，這方面研究的較多的是水解與SBR 結合的工藝。SBR工藝，即序批式活性污泥法，是基于傳統的Fill- Draw系統改進并發展起來的一種間歇式活性污泥工藝，它把污水處理構筑物從空間系列轉化為時間系列，在同一構筑物內進行進水、反應、沉淀、排水、閑置等周期循環。

養殖污水處理設備膜分離法是利用特殊的薄膜對液體中的成分進行選擇性分離的技術。用于廢水處理的膜分離技術包括擴散滲析、電滲析、反滲透、超濾、微濾等幾種。