全自動農藥殘留快速檢測儀有害化合物殘留、漁藥和獸藥殘留檢測儀器:由于這類殘留物較復雜，一般用液相色譜儀進行檢測為主，以氣象色譜儀、離子色譜(IC)、薄層色譜(TLC)等輔助檢測。當需要做多種殘留快的速檢驗，幾乎均用 LC–MS–MS。

有害元素及其價態的檢測儀器:常用的檢測儀器是原子熒光光譜儀(AFS)、原子吸收光譜儀(AAS)、電感耦合等離子光譜儀(ICP)和具有更高靈敏度的 ICP–MS;為鑒定元素的價態，一般采用元素分析儀與各種色譜分離系統聯用。

細菌病源性檢測儀器:傳統的檢測儀器是用鏡檢和菌落計數器等，目前用于細菌、致病菌鑒定的儀器有六種以上。廣為應用的儀器包括基因檢測儀器、碳源代謝利用率檢測儀器、生物芯片技術平臺、基于表面等離子諧振(SPR)儀器及基于細菌特征脂肪酸譜的儀器。

微生物毒素檢測儀器:目前使用較多的是酶標儀、薄層色譜儀測定儀等，內源毒素類可用液相色譜儀或分光光度計檢測;近年來海洋生物毒素的檢測廣泛運用液相色譜儀以及 CE 和 CE–MS 聯用儀檢測。

全自動農藥殘留快速檢測儀轉基因產品檢測儀器:主要方法包括基因轉錄水平和基因水平的檢測，主要使用離心機等制備基因樣品的設備，用基因擴增儀(PCR)和酶標儀、電泳系統等進行分離、分析和檢測的儀器。

樣品前期處理的儀器:食品安全分析、檢驗是在極復雜的樣品中進行檢測，只有微量的殘留物和污染物，采用傳統的樣品前期處理儀器會使測量精度大大降低，甚至無法檢測出污染物濃度，因此必須采用新技術生產的樣品前期處理儀器設備，目前使用較多的如固相萃取儀(SPE)、凝膠滲析萃取儀(GPC)、基質固相分散萃取儀(MSPDE)、固相微萃取儀(SPME)、超臨界萃取儀(sFE)等新儀器。