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 　　離子阱質譜儀是一類極其重要和應用廣泛的質譜分析方法，是化學及生物學分析的基本工具，了解其工作的基本原理，對于深入了解阱類質譜的設計構造，性能指標，操作模式，參數優化和合理使用都是基本的和必須的，其基本原理主要涉及離子在四級場中對的運動規律的描述。

　　離子阱質譜儀是利用離子阱作為分析器的質譜儀稱為離子阱質譜儀。目前使用多的是由高頻率電場進行離子封閉的保羅阱(Paul trap)。

　　由一個雙曲面截面的環形電極和上下一對端電極構成。封閉在真空池內的離子，通過高頻電壓掃描，將離子按m/z從池中引出進行檢測。

　　離子阱質譜儀是一種低分辨時間串聯質譜儀?？梢赃M行msn的測定(通常n=2-6)。而且價格比其它類型的串聯質譜儀便宜。目前在有機物定性方面得到了很廣泛的應用。

　　離子阱質譜(ITMS)是利用高電場使質譜進樣端的毛細管柱流出的液滴帶電，在氮氣氣流的作用下，液滴溶劑蒸發，表面積縮小，表面電荷密度不斷增加，直至產生的庫侖力與液滴表面張力達到雷利極限，液滴爆裂為帶電的子液滴，這一過程不斷重復使終的液滴非常細小呈噴霧狀，這時液滴表面的電場非常強大，使分析物離子化并以帶單電荷或多電荷的離子形式進入質量分析器。

　　離子阱質譜從液相中產生離子，一般說來，肽段的混合物經過液相色譜分離后，經過偶聯的與在線連接的離子阱質譜分析，給出肽片段的精確的氨基酸序列,但是分析時間一般較長。