巴氏殺菌機殺菌屬于低溫滅菌，較大限度地保證了食品的營養成份與原有的口感風味，深愛消費者的青睞。巴氏殺菌機殺菌加熱有兩種形式，一是電加熱，二蒸汽加熱。因為巴氏滅菌法是低溫殺菌。這里所說的低溫只是相對高溫高壓殺菌鍋來言。是指低于100攝氏度的殺菌方式。
巴氏殺菌是利用低于100攝氏度的熱力殺滅微生物的消毒方法，由德國微生物學家巴斯德于1863年發明，至今國內外仍廣泛應用于牛奶、人乳及嬰兒合成食物的消毒。
新鮮原奶中的生物活性物質十分怕熱，如果用攝氏100度的消毒方法，則原奶中的生物活性物質將被破壞，而且原奶中的維生素、蛋白質等也有損失。
現用的巴氏殺菌方法一般有兩種：一是加熱到61.1～65.6攝氏度之間，30分鐘；二是加熱到71.7攝氏度，至少保持15秒鐘。
時間過長可以殺死更多細菌，但是在巴氏殺菌的條件下已經足夠把其中的有害病原菌殺死了，因此沒有必要延長殺菌時間，另外殺菌時間過長會造成牛奶或食物中的營養成分被破壞，這在銷售上是不利的。特別在奶制品中，時間過長會造成蛋白質變性，對人體有利因子損失，后會得不償失的；在工廠的大規模生產中時間過長更會增加能耗，使成本提高，利潤減少。
巴氏殺菌機是目前廣泛應用于食品領域的消毒設備，但是應用巴氏消毒法，不應時間過長，過長會造成營養物質的損失，得不償失，還會提高生產成本，因此要嚴格控制巴氏消毒的時間，以便取得較好的殺菌效果和大化的經濟效益，讓產品具有更大的競爭力。
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