蔬菜水果巴氏殺菌機殺菌的原理是在一定溫度范圍內，溫度越低，細菌繁殖越慢；溫度越高，繁殖越快。但溫度太高，細菌就會死亡。不同的細菌有不同的適生長溫度和耐熱、耐冷能力。巴氏消毒其實就是利用病原體不是很耐熱的特點，用適當的溫度和保溫時間處理，將其全部殺滅。但經巴氏消毒后，仍保留了小部分無害或有益、較耐熱的細菌或細菌芽孢。

蔬菜水果巴氏殺菌機市場上巴氏殺菌機主要做商業用途，同時巴氏殺菌也是國際上的通用殺菌標準，在很多大型企業都在使用，市場上的純牛奶其他口味的酸奶都是經過巴氏殺菌。隨時綠色健康食品的發展，巴氏殺菌機在很多小型的奶牛場都是有使用的，小型奶牛場使用的都很是100升或者是200升的，主要是制作新鮮純牛奶，向市場上配送。巴氏殺菌機配備有冷水循環系統，通常的制冷方式有兩種，一種是：壓縮機制冷，這種制冷的方式速度快，效果好，還一種制冷方式是冷水循環制冷，主要是采用物理的降溫方式，將對來講成本要低很多。